5 августа 1787 года Османская империя, после категорического отказа России возвратить Крым и восстановить вассалитет Грузии, не объявляя войны, арестовав посла и отправив к Очакову военную эскадру.
21 августа, турецкие корабли атаковали два российских судна возле Кинбурна. 9 сентября в Санкт-Петербурге опубликован высочайший манифест о начале войны с Турцией.
На первых этапах войны задачи наступательного характера стояли только перед флотом. Григорий Потемкин отдал приказ Войновичу: «подтверждаю вам собрать все корабли и фрегаты и стараться произвести дело, ожидаемого от храбрости и мужества вашего и подчинённых ваших. Хотя б всем погибнуть, но должно показать свою неустрашимость к нападению и истреблению неприятеля… Где завидите флот турецкий, атакуйте его во что бы ни стало, хотя бы всем пропасть»1. 31 августа русская эскадра из трех линкоров и семи фрегатов вышла на поиск турецкого флота. При подходе к мысу Калиакрия эскадра попала в сильный шторм и была разделена. Один из кораблей, потеряв мачты, отнесен течением в Босфор и взят в плен. Сорока четырех пушечный фрегат «Крым» затонул. Корабль «Святой Павел» утратил две мачты и был унесен к берегам Кавказа. Однако Ушакову удалось спасти корабль и благополучно возвратить его в Севастополь.
Значительный урон, полученный флотом, вынудил командование на некоторое время перейти к оборонительной тактике. Черноморский флот перекрыл доступ в Лиман турецкому флоту. А. В. Суворов собрал порядка четырех тысяч пехоты и конницы в Кинбурнском замке для отражения возможных атак на Кинбурнску косу. Высадка турок на Кинбурне закончилась уничтожением их десанта численностью в пять тысяч человек.
Боевые действия возобновились в 1788 году весной. Первейшая задача заключалась во взятии Очакова войсками Потемкина. Целью флота было не допустить помощи Очакову со стороны турецкого флота. Турецкая эскадра насчитывала порядка восемнадцати линкоров, четырнадцать фрегатов и больше пятидесяти иных судов. Прибыв к Очакову в мае и попытавшись уничтожить русские корабли, турки потерпели серьезное поражение.
Мелководье возле Очакова позволяло эффективно взаимодействовать флоту с огнем батарей на берегу, уходя от которого два турецких линкора сели на мель. Довольно тяжелыми стали потери турецкой эскадры в июне при попадании ее под огонь замаскированной батареи из пятидесяти пушек. Турецкие корабли были вынуждены поспешно отступать, и значительная их часть села на мель. Потери составили два линкора, четыре сорока и пятидесяти пушечных корабля, а также около семи других. Так уже в прибрежных битвах турецкие силы были серьезно подорваны.
При этом значительное численное превосходство оставалось за турецким флотом.
В конце июня турецкая эскадра во главе с Гасан-пашой, численностью в семнадцать линкоров, восемь фрегатов, и двадцать четыре мелких корабля отправилась на поиски русского флота, силы которого составляли два линкора, десять фрегатов и незначительное количество мелких судов. Турецкая огневая мощь имела приблизительно трехкратное превосходство. 3 июля эскадры встретились при Фидониси. Гасан-паша, обладая численным превосходством и находясь на ветре, решил атаковать первым. Начало атаки принял на себя авангард, состоящий из фрегатов Ушакова. Его корабли увеличили скорость для видимости отказа от сражения. Это было бы естественным для русских при имевшейся расстановке сил. Однако маневр имел противоположную цель. По замыслу Ушакова, его авангард обходил турецкий, располагая его с двух сторон на линии огня всей русской эскадры.
При этом Гасан-паша разгадал маневр, его корабли увеличили скорость, чтобы помешать русским произвести охват. Тем не менее турецкий флот слишком растянулся в отличии от русского. Сблизившись на расстояние выстрела эскадры начали сражение по всей линии. Спустя полчаса корабли турецкого авангарда начинают выходить из боя, в связи с повреждениями. Восьмидесяти четырех пушечный флагман турок оказался против русских «Бериславы» и «Стрелы», вооруженных пятьюдесятью и сорока пушками. Шедший за ними линкор Ушакова «Святой Павел» имел команду исключительной выучки (легендарная стрельба на качелях) и успешно вел бой против сразу нескольких турецких кораблей, мешая им оказать помощь кораблю Гасан-паши. Спустя сорок минут после начала боя турецкий флагман был выведен из боя. Это привело к всеобщему отступлению турецкой эскадры, сопровождавшемуся тяжелым огнем русских кораблей, наносившим значительные повреждения.
В этом сражении Черноморский флот одержал первую победу над турками в открытом море, и победа была достигнута в первую очередь действиями авангарда под руководством Ушакова. Однако победа была приписана контр- адмиралу Войновичу, командовавшему всей эскадрой. В донесении Потемкину ход сражения был искажен, а роль авангарда сильно занижена. Войнович не пожелал представлять к наградам командиров, отмеченных Ушаковым. Федор Федорович заявил Потемкину, что Войнович писал донесение «по собственным своим мыслям, не соображаясь с рапортами начальников эскадр». Потемкин разобрался в деле и в августе Ушаков был награжден Владимиром III степени, в октябре он орден Святого Георгия IV степени.
До глубокой осени русская эскадра курсировала у берегов Крыма, для отражения возможного нападения турецкого флота на Очаков. Турки прибыли в количестве пятнадцати линкоров, десяти фрегатов и около сорока других кораблей.
Войнович счел свою эскадру слишком малочисленной для борьбы с турками в открытом море. Турецкая эскадра стояла у Очакова до ноября в надежде, что русские снимут осаду, опасаясь зимы. Однако 4 ноября турецкий флот ушел в Константинополь, а 6 декабря в результате штурма Очаков был взят.
В апреле 1789 года Ушаков получает звание контр-адмирала. Тогда же Федор Федорович назначается командующим севастопольской эскадрой, при сохранении за Войновичем командования всем Черноморским флотом.
На протяжении 1789 года происходит форсированное наращивание военной мощи Черноморского флота, число линкоров было увеличено до двенадцати. При этом серьезных столкновений с турками не последовало.
Тяжелое поражение Османская империя потерпела на суше, когда А.В. Суворов разгромил турок при Фокшанах и на Рымнике.
Пассивность русского флота была объяснена нерешительностью Войновича, в результате чего он был направлен на Каспий.
14 марта 1790 года Федор Федорович Ушаков получает в командование весь Черноморский флот.
С января по март он присутствует в Яссах, где располагалась ставка Потемкина, для выработки плана предстоящей кампании.
Было решено провести рейд у анатолийских и кавказских берегов и атаковать Анапу, которая являлась одной из важнейших баз для турецких экспедиций.
В апреле Ушаков прибывает в Севастополь и принимает командование флотом.
В мае эскадра в составе трех пятидесяти пушечных линкоров, четырех сорока пушечных фрегатов и двенадцати иных кораблей выходит из Севастополя.
В конце месяца эскадра обстреливает Синоп, нанося серьезный урон стенам крепости, затем атакует Анапу, нанося значительный ущерб порту и укреплениям. В июне корабли вернулись в Севастополь.
В результате экспедиции, прошедшей вдоль анатолийских и абхазских берегов, были захвачены восемь транспортов и сожжены двенадцать, был записан план Синопской бухты, а также нанесен весьма ощутимый урон крепостям.
В конце июня в связи с активными действиями русского флота турецкая эскадра была вынуждена выйти в море. 2 июля адмирал Ушаков выводит эскадру из десяти линкоров, шести фрегатов и семнадцати иных судов. Для отражения атаки со стороны Анапы он занимает позицию у Керчи. 8 июля подходит турецкий флот. В составе эскадры было десять линкоров, имевших превосходство в огневой мощи, восемь фрегатов и около тридцати шести иных судов. В сражении турки предприняли попытку так же как Ушаков при Фидониси отрезать русский авангард.
При этом командир авангарда достаточно ловко отбил атаку. В три часа дня русские корабли подошли на расстояние картечного залпа к турецким.
«Неприятель, приметя перемену сего положения, пришёл в замешательство и начал прямо против моего корабля и передового передо мной корабля «Преображения» поворачивать всей густой колонной через оверштаг; а другие, поварачивая ж по ветру, спускались к нам ещё ближе. Следующий передо мной корабль «Преображение» и находящийся под флагом моим корабль «Рождество Христово» произвели по всем им столь жестокий огонь, что причинили великий вред на многих кораблях, в том числе и на корабле самого Капудана-паши. Из оных весьма повреждённые два корабля…упали на нашу линию и шли столь близко, что я опасался сцепления с некоторыми из задних кораблей наших. Вице- адмиральский корабль был так же весьма повреждён…упал под ветер и прошёл всю нашу линию весьма близко и через то сей корабль и помянутые два…разбиты до крайности. С некоторых кораблей флаги сбиты долой…один вице-адмиральский взят и привезён на корабль»1. Удачно встав на ветер, Ушаков готовился прорвать турецкий строй и нанести удар всеми силами эскадры по основным кораблям. Так Ушаков приказал «авангардии всей вдруг поворотить оверштаг, кораблю «Рождество Христово» быть передовым; и сигналом же велел всем кораблям, не наблюдая своих мест, каждому по способности случая со всей поспешностью войти в кильватер моего корабля, чрез что линия на правый галс2устроилась весьма скоро на ветре у неприятеля». Турецкая эскадра была вынуждена обратиться в бегство. По приказу Ушакова русские корабли отправились в погоню, но «лёгкость хода их кораблей спасла их от сего предприятия и от совершенной гибели…последовавшая ночная темнота весь флот неприятельский закрыла от нас из виду…Хотя же всю ночь, находясь в линии, следовал за неприятелем…не мог видеть, куда он сделал свой оборот…По утру 9 числа оного нигде уже не видал».
29 июля Федор Федорович награждается Святым Георгием II степени за победу при Керчи.
В Севастополе Ушаков спешно устраняет все полученные повреждения и с тем же составом флота отправляется к устью Дуная, где по его сведениям стоял турецкий флот.
Турецкая эскадра была увеличена до четырнадцати линкоров. 28 августа турки были обнаружены между Тендрой и Гаджибеем, в нескольких десятках километров в стороне от берега.
По команде Ушакова, русские корабли начали атаку, имея намерение реализовать фактор внезапности. Турки попытались уклониться от сражения, беспорядочно отступая на запад. К десяти часам утра турецкий флот непозволительно растянулся, используя это, Ушаков пытается отрезать турецкий арьергард. Чтобы не допустить потерю арьергарда, Капудан-паша разворачивает корабли и выстраивает их в линию.
В три часа дня началось сражение. К пяти часам обнаружилось превосходство русских кораблей, а турецкие со значительными повреждениями начали уклоняться по ветру. В виду этого Ф.Ф. Ушаков концентрирует огонь на лучших кораблях и флагмане. К концу дня линия турецких кораблей была разбита и вынуждена отступать. Русские преследуют турок до темноты и прекращают погоню в связи с приближающейся бурей.
С рассветом было обнаружено, что турецкие корабли находятся вблизи русских, авангард на расстоянии ружейного залпа. В шесть утра русская эскадра снимается якорей для окончательного уничтожения неприятеля. Турецкие корабли были рассеяны в разные стороны, значительная их часть была вынуждена сдаться, в том числе и ряд крупных линкоров, многие корабли были уничтожены.
Остатки турецкого флота отправились в Константинополь, теряя по дороге сильно поврежденные суда.
Всего потери турок составили не менее двух тысяч, среди пленных оказался высокопоставленный паша Саит-бей. Потери русских составили двадцать одного убитого и двадцать пять раненых.
16 сентября Ушаков награждается орденом Святого Георгия II степени.
В октябре русский флот отправляется в море для защиты гребной флотилии, перебрасываемой в Дунай для осады и штурма Измаила. 11 декабря последовал успешный штурм крепости под руководством Суворова, завершивший боевые действия 1790 года.
В июне 1792 года адмирал Ушаков выводит корабли в море в связи с известием о появлении турецкого флота вблизи устья Днестра. Русский флот обнаружил турецкую эскадру возле мыса Айя, однако турецкие корабли уклонившись от сражения стали уходить на юг. Спустя четыре дня преследования адмирал Ушаков развернул корабли и возвратил их в Севастополь.
Вскоре после падения Анапы, и разгрома турецких войск при Мачине Османская империя была вынуждена пойти на переговоры о мире. Предварительные условия приняты 31 июля.
Однако Ушаков не имел сведений о мирных переговорах и отправился 28 июля из Севастополя с эскадрой для уничтожения турецкого флота близ Анапы.
31 июля турецкий корабли были обнаружены у мыса Калиакрия, с прикрытием батареи на берегу. Среди командующих эскадрой был знаменитый пират паша Саит-Али, обещавший султану доставить Ушакова в клетке. Он рассчитывал значительными силами десанта взять русские корабли на абордаж. Появление русской эскадры оказалось внезапным и вызвало некоторое смятение в турецком флоте. Турецкий флот был выстроен не организованно, действия командующих Саит-Али и Капудан-паши были крайне не согласованы.