Нововведения, касающиеся порядка избрания ректора вуза, вызывают отрицательные отклики заслуженных ученых и управленцев в области образовательной деятельности. Так, по мнению ректора МГУ им. М.В. Ломоносова ВА. Садовничего, новый порядок избрания ректора и введения должности президента вуза нуждаются в изменениях и дополнениях: «Первое. Необходимо точно сформулировать, что имеется в виду, когда речь идет об аттестации кандидата на должность ректора. Ведь этот человек уже много раз аттестован и как ученый, и как руководитель. Поэтому нужно четко сказать, по каким параметрам будет проводиться аттестация кандидата на должность ректора. Эти критерии не должны быть тайной, скрытой от вузовской общественности. <...> Второе. Безусловно, президентом вуза, в тех случаях, когда эту должность необходимо вводить, должен быть избранный ученым советом вуза один из бывших ректоров этого вуза, наиболее подготовленный к этой работе, а не человек, рекомендованный извне, -- к примеру, неудавшийся политик. Наконец, третье. Полномочия ректора и президента должны быть разделены законодательно, а не на основе их обоюдного соглашения. Такая определенность особенно важна для коллектива, поскольку это дело новое, во многом искусственное, потенциально чреватое разбродом и шатаниями в коллективе».
Согласно Федеральному закону от 18 июля 2006 г. № 113-ФЗ «О внесении изменений в ст. 12 и 20 Федерального закона «О высшем и послевузовском профессиональном образовании», в государственном или муниципальном высшем учебном заведении по решению его ученого совета, согласованному с органом исполнительной власти или исполнительно-распорядительным органом городского округа, в ведении которых находится такое высшее учебное заведение, может учреждаться должность президента высшего учебного заведения. При этом в устав высшего учебного заведения в установленном порядке вносятся соответствующие изменения. Лицо, замещающее должность президента высшего учебного заведения, как правило, должно иметь опыт работы в должности ректора высшего учебного заведения. Совмещение должностей ректора и президента государственного или муниципального высшего учебного заведения не допускается. Кандидатура президента государственного или муниципального высшего учебного заведения представляется в ученый совет такого высшего учебного заведения органом исполнительной власти или исполнительно-распорядительным органом городского округа, в ведении которых находится такое высшее учебное заведение.
Президент высшего учебного заведения избирается на заседании ученого совета тайным голосованием простым большинством голосов на срок до пяти лет. После избрания президента между ним и органом исполнительной власти или исполнительно-распорядительным органом городского округа, в ведении которых находится высшее учебное заведение, заключается трудовой договор на срок до пяти лет. Прекращение трудового договора с президентом высшего учебного заведения осуществляется по основаниям, установленным трудовым законодательством Российской Федерации, в том числе по причине прекращения трудового договора с руководителем организации (п. 3.1 ст. 20 Федерального закона «О высшем и послевузовском профессиональном образовании»).
Президент высшего учебного заведения по согласованию с его ректором имеет следующие полномочия:
1) участвует в деятельности попечительского совета и иных органов самоуправления высшего учебного заведения;
2) участвует в разработке концепции развития высшего учебного заведения; образование автономия правовой самостоятельность
3) представляет высшее учебное заведение в отношениях с государственными органами, органами местного самоуправления, общественными и иными организациями;
4) участвует в решении вопросов совершенствования учебной, научной, воспитательной, организационной и управленческой деятельности высшего учебного заведения (п. 3.2 ст. 20 Федерального закона «О высшем и послевузовском профессиональном образовании»).
В связи с введением должности президента вуза законодательно разграничиваются полномочия ректора и президента вуза, вследствие чего можно говорить об укреплении в вузовской управленческой системе совокупности «сдержек и противовесов», в соответствии с которой строится управленческо-административный и образовательный процесс в вузе, принявшем поправки в устав, предусматривающие введение должности президента. Однако возможен и другой сценарий: ректор и президент вуза (которые, по сути, являются наиболее видными (влиятельными) фигурами) могут войти в управленческий конфликт, при котором, например, позиция ректора вуза может не совпадать с взглядами его президента на представление вуза в отношениях с государственными органами.
Многие страны с переходной экономикой столкнулись с проблемой определения правового статуса университетов в условиях рыночной экономики и общей тенденции ухода от тотального огосударствления. Некоторые приняли законы, по которым университеты действуют как специализированные некоммерческие организации, принадлежащие государству. Если говорить о странах с переходной экономикой, то надо сказать, что в последнюю декаду двадцатого века большинству стран Центральной и Восточной Европы, а также Монголии удалось модернизировать управление в вузах, расширив автономию и утвердив принцип «разделения властей». Законодательно определены значительные полномочия управляющих советов в вузах.
Глобальная картина по-прежнему весьма разнообразна, как показывают результаты двух крупных исследований масштабов государственного контроля, проведенных в 1997 и 1998 гг. В одном из них изучалась степень законодательного и процедурного контроля в 70 вузах Британского содружества. Второе исследование, проведенное для Министерства образования Австралии группой местных специалистов, было посвящено изучению аналогичных вопросов в 20 странах, в том числе в России. В этом исследовании отмечается интересное сближение тенденций в странах ОЭСР: «В англо-американских системах вузы традиционно пользовались значительной институциональной автономией, однако, в течение последнего десятилетия правительства стали требовать от них большей степени подотчетности. С другой стороны, в европейских странах, где вузы традиционно действовали в жестких рамках законодательства, осуществляются реформы, направленные на децентрализацию полномочий». Обе эти тенденции продолжались с 1998 г., и, помимо двух типов, упомянутых в работе Neave and van Vught, появилась новая категория -- вуз, «находящийся под давлением государства», когда Совет и высшее руководство вуза, получив практически полную автономию, постоянно ощущают надзор сверху, выполняя многочисленные требования по представлению специальных отчетов и статистических данных. Это не очень опасно в странах с большой традицией автономии. Однако традиция «соблюдения требований», предполагающая постоянное реагирование на указания и рекомендации из центра, может подавить инициативы вузов. Введение чрезмерной отчетности может рассматриваться как реакция центра на утрату предварительного контроля над планами и бюджетами вузов, однако, аналогичная ситуация наблюдается и в частном секторе, откуда все чаще поступают жалобы на чрезмерные требования отчетности перед государством».