Отчет по практике: Отчет о работе биолога лаборатории особо опасных, вирусных и других природноочаговых инфекций

горизонтальный электрофорез в агарозном геле, гибридизационно-флуоресцентная детекция по конечной точке и в режиме реального времени. VII. Производственная деятельность7.1 Сравнительная характеристика методов исследования.В лаборатории за 2018-2023 годы проведено 291159 исследования на особо опасные и другие природно-очаговые инфекции. Исследования проводились с диагностической, профилактической целью и по эпидемиологическим показаниям, доставлялся материал от людей и из различных объектов окружающей среды (вода, смывы, мелкие млекопитающие, клещи из природных очагов, клещи, снятые с людей и др. ООС). Исследования проводились серологическим, бактериологическим и молекулярно-генетическим (ПЦР) методами (таблица № 1). За период 2018-2023 гг. в лабораторной практике исследований на природно-очаговые инфекции (ПОИ) наряду с классическими методами широко использовался один из молекулярно-генетических методов – полимеразно-цепная реакция (ПЦР). Таблица № 1Объем и структура лабораторных исследований на особо опасные и другие природно-очаговые инфекции

Год	Число исследо-ваний	Бактериологических			Серологических			ПЦР
		всего	клин.материал	мате-риал из ООС	всего	клин.материал	мате-риал из ООС	всего	клин.материал	мате-риал из ООС
2018	28537	1345	73	1269	1827	1387	440	11098	7267	3831
2019	46874	3483	25	3458	3383	2559	824	16571	9727	6844
2020	77794	2056	22	2034	3308	2421	887	33533	21849	11684
2021	50086	2322	28	2294	3262	2156	1106	19459	14961	4498
2022	53352	2120	34	2086	3203	2282	921	21353	17293	4060
2023 (6 месяцев)	34516	1893	21	1872	1512	1154	358	13853	4242	9611

ПЦР - метод молекулярной диагностики, ставший для ряда инфекций «золотым стандартом», проверен временем и тщательно апробирован клинически. Метод ПЦР позволяет определить наличие возбудителя заболевания, даже если в пробе присутствует всего несколько молекул ДНК возбудителя.К преимуществам ПЦР диагностики можно уверенно отнести ее безусловную универсальность. PCR обнаруживает тип ДНК/РНК даже при неэффективности других методов. При этом в медицинской лаборатории используют универсальное оборудование, независящее от вида генетического материала и разновидности вируса, который предстоит найти. В числе прочих плюсов:

• 
  Высокая специфичность метода, достигающая 100%. В исследуемом биологическом образце удается выявить уникальную последовательность нуклеотидов, сопряженную с возбудителем. Полученный материал можно исследовать одновременно на наличие нескольких возбудителей без снижения качества результата диагностики;
  
• 
  Высокий уровень чувствительности. ПЦР-тест позволяет выявить конкретного возбудителя, даже если в пробнике присутствует только одиночная молекула ДНК/РНК;
  
• 
  Оперативность. Чтобы установить реакцию, достаточно 3-4 часов. Получить результаты лабораторной диагностики пациент может в течение 1-2 дней после сдачи биологического материала;
  
• 
  Эффективность. ПЦР выявляет некультивируемые, трудно культивируемые и латентно «обитающие» формы патогенных организмов. Однако полимеразная цепная реакция может обозначить только провокатора заболевания, но не реакцию на его контакт с организмом человека;
  
• 
  Возможность проведения количественного анализа.
  

В 2018-2023 годах методом ПЦР было проведено 40528 исследований проб из объектов окружающей среды на вирусные, особо опасные и другие бактериальные инфекции. Структура исследований, удельный вес положительных результатов представлен в таблице №2. Таблица № 2Структура исследований методом ПЦР объектов окружающей среды.

Год	2018			2019			2020			Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес
Перечень иссл.	всего	+ рез.	Уд. вес	всего	+ рез.	Уд. вес	всего	+ рез.	Уд. вес
Вирусные инфекции	3045	616	20,3	4536	369	8,1	7542	418	5,6	15123	1403	9,3
Особо опасные и др. бактер. инфекции	786	30	3,8	2308	155	6,7	4142	95	2,3	7236	280	3,9

Год	2021			2022			2023 (6 месяцев)			Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес
Перечень иссл.	всего	+ рез.	Уд. вес	всего	+ рез.	Уд. вес	всего	+ рез.	Уд. вес
Вирусные инфекции	3542	511	14,5	1622	257	15,8	3469	213	6,1	8633	981	11,4
Особо опасные и др. бактер. инфекции	956	26	2,7	2438	106	4,3	6142	19	0,3	9536	157	1,7

В 2018-2023 годах было проведено методом ПЦР 75339 исследований проб клинического материала на вирусные, особо опасные и другие бактериальные инфекции. Структура исследований, удельный вес положительных результатов представлен в таблице № 3.Таблица № 3

Структура исследований клинического материала методом ПЦР

Год	2018			2019			2020			Всего иссл.	С «+» резуль-татом	Уд.вес
Перечень иссл.	всего	+ рез.	Уд.вес	всего	+ рез.	Уд.вес	всего	+ рез.	Уд.вес
Вирусные инфекции	7072	465	6,6	9417	591	6,3	21789	962	4,4	38278	2018	5,3
Особо опасные и др. бактер. инфекции	195	36	18,5	310	66	21,3	60	12	4,2	565	114	20,1
всего	7267	501	6,9	9727	657	6,8	21849	987	4,5	38843	2132	5,4

Год	2021			2022			2023 (6 месяцев)			Всего иссл.	С «+» резуль-татом	Уд. вес
Перечень иссл.	всего	+ рез.	Уд.вес	всего	+ рез.	Уд.вес	всего	+ рез.	Уд.вес
Вирусные инфекции	14856	721	4,9	17123	697	4,1	4158	231	5,6	36137	1649	4,5
Особо опасные и др. бактер. инфекции	105	15	14,2	170	27	15,8	84	16	19,0	359	58	16,1
всего	14961	501	3,4	17293	657	3,8	4242	247	5,8	36496	1762	4,8

7.2 Инфекции, передающиеся кровососущими членистоногими.Исследовали зараженность возбудителями трансмиссивных клещевых инфекций людей и  иксодовых клещей в  эпидемические сезоны 2018–2023 гг. на территориях природных очагов Забайкальского края. Оценка активности и распространенности возбудителей клещевых инфекций получена при анализе зараженности иксодовых клещей, собранных с растительности, присосавшихся клещей, снятых с людей. С помощью полимеразной цепной реакции в режиме реального времени было показано существование территории Забайкальского края четырёх возбудителей «клещевых» инфекций: клещевого энцефалита, клещевого боррелиоза, гранулоцитарного анаплазмоза, моноцитарного эрлихиоза. Чаще всего в иксодовых клещах обнаруживались боррелии. Единичными были находки генетических маркеров вируса клещевого энцефалита, анаплазм и эрлихий. Материал проверяли на наличие ДНК/РНК вируса клещевого энцефалита, Borrelia burgdorferi sensu lato, Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia muris / Ehrlichia сhaffeensis методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием набора «Ампли‑ Сенс TBEV, согласно инструкции производителя на амплификаторе с флуоресцентной детекцией ROTOR-GENE Q (QIAGEN, Германия). Материал для исследования доставляют из г. Чита и 26 районов края. Исследования в лаборатории проводятся согласно плана эпидемиологического мониторинга за возбудителями природно-очаговых инфекций Управления Роспотребнадзора по Забайкальскому краю. Исследования проводились методом ПЦР, результаты представлены в таблице № 4. Таблица № 4Объем и структура исследований ООС на инфекции, передающиеся кровососущими членистоногими методом ПЦР

Наименование_инфекции__Год__2018'>Наименование инфекции	Год
	2018			2019			2020
	Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес
Клещ.энцефалит	2304	306	13,3	2455	243	9,9	2576	246	9,6
ГАЧ	2304	10	0,4	2455	18	0,7	2576	20	0,8
МЭЧ	2304	14	0,6	2455	31	1,3	2576	33	1,3
Боррелиоз	2304	39	1,7	2455	62	2,5	2576	70	2,7
Наименование инфекции	Год
	2021			2022			2023 (6 месяцев)
	Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес	Всего иссл.	С «+» рез.	Уд. вес
Клещ.энцефалит	2632	223	8,4	2598	251	9,7	1785	32	17,1
ГАЧ	2632	12	0,4	2598	15	0,5	1785	8	0,4
МЭЧ	2632	21	0,7	2598	26	1,0	1785	18	1,0
Боррелиоз	2632	42	1,6	2598	55	2,1	1785	35	1,9