Эвакуация музеев западной части СССР началась в первый же день войны — 22 июня 1941 года. За несколько дней сотрудники музеев составили списки ценных экспонатов, упаковали их и нашли транспорт для перевозки ценностей в безопасное место.
Они вывозили коллекции с линии огня и из ближайших к фронту городов, как с разрешения властей, так и без. Ценные предметы искусства перевозили вглубь страны, там они и хранились до конца войны.
23 июня 1941 года по распоряжению коменданта Московского Кремля Николая Спиридонова сотрудники музея приступили к демонтажу экспозиции Оружейной палаты. Сначала коллекцию хотели спрятать во внутренних кремлевских помещениях — соборах, башнях, подвалах. Однако ситуация на фронте осложнилась, поэтому было принято решение вывезти ценности на Урал.
Основатель Государственного Дарвиновского музея Александр Котс в начале войны составил список экспонатов к эвакуации первой очереди. В него вошли скелеты двух птиц вымерших видов, редкие издания сочинений французского ученого Жоржа Луи Бюффона, атлас Джона Джеймса Одюбона «Птицы Америки», а также чучела тропических птиц, ценные шкуры животных, скульптуры и многие другие предметы. Ящики с ценностями были временно отправлены в хранилище Новодевичьего монастыря.
Сразу после объявления войны была начата эвакуация экспонатов из музея-заповедника «Царское село». Сотрудники музея проводили работу по отбору, упаковке и отправке вглубь страны старинных картин, мебели, обивочных тканей, фарфора и других предметов историко-художественного значения.
В день нападения Германии на Советский Союз сотрудники Эрмитажа перенесли ценнейшие шедевры живописи в Особую кладовую на нижнем этаже, а чрез два дня началась эвакуация музейных ценностей. Предварительно работники музея описали сотни тысяч экспонатов. Работа велась круглосуточно.
1 июля в Свердловск на поезде была отправлена первая партия из 500 тыс. экспонатов, размещенных в 23 вагонах. Для защиты состава на платформах были установлены зенитки, а поезд всю дорогу сопровождали самолеты. До начала блокады Ленинграда из Эрмитажа удалось эвакуировать около 2 миллионов экспонатов. Тогда Наркомпрос предписывал работникам музея самостоятельно отобрать предметы для эвакуации.
Сотрудникам музеев Царского села, Пушкина, Павловска и Гатчины удалось подготовить к эвакуации и вывезти намного больше экспонатов, чем изначально предполагалось.
Но, несмотря на эвакуацию ценностей, многие советские музеи в годы Великой Отечественной войны подверглись разграблению нацистскими войсками. В результате было утеряно больше миллиона экспонатов - музейных предметов, редких книг и рукописей, архивных дел. Ценности вывозили военнослужащие Вермахта, испанская Голубая дивизия, стоявшая под Ленинградом, финны. Огромное количество ценностей, вывезенных немцами из СССР, до сих пор не найдено.
Чтобы вернуть в Россию вывезенные нацистами экспонаты, ученые изучают архивные материалы, хранящиеся в России, Финляндии, Германии, странах Балтии.
Уцелевшие экспонаты - картины, иконы, вазы – иногда встречают на проводимых в Европе аукционах, находят в частных коллекциях. Потомки немецких солдат нередко сами возвращают находки в Россию.
Так, в конце 90-х гг. в Павловский дворец была возвращена найденная в Национальном музее во Вроцлаве акварель неизвестного художника XVIII века. В Русский музей удалось вернуть картину Ореста Кипренского «Портрет Петра Басина». Шедевр вернул коллекционер из США Рональд Лаудер.
В 2000 году в Екатерининский дворец вернули одну из четырех мозаик и комод из Янтарной комнаты. Культурные ценности были найдены в частном владении в Бремене.
Часто ценности удается вернуть в Россию благодаря успешному взаимодействию российских и немецких историков и сотрудников музея. Именно так в Россию вернулось одно из панно «Янтарной комнаты».
За годы ВОВ Гатчинский музей лишился 38152 экспонатов. Но благодаря плодотворной работе старшего научного сотрудника ГМЗ «Гатчина» Марии Кирпичниковой и берлинского историкам Коринны Кур-Королев в музей удалось вернуть икону «Благовещение» и 45 довоенных снимков дворцовых интерьеров. Фотографии были выставлены на аукционе за 12,5 тыс. евро. Но по заявлению Коринны Кур-Королев полицейские изъяли их, сотрудники Гатчинского дворца документально подтвердили их происхождение, после чего снимки передали представителям музея в Берлине.
Икону вернула в музей дочь воевавшего в Гатчине немца.
По данным Центрального государственного архива литературы и искусства за 1945 год, в Гатчину из Риги вернули 466 портретов. Музейные экспонаты находили в ближайших окрестностях — разбитые скульптуры, мебель.
В 1996 году в Гатчину вернулся рельефный портрет работы императрицы Марии Федоровны. Его за собственные средства выкупил на аукционе первый директор дворца Валентин Платонович Зубов.
В 2014 году удалось вернуть 33 фотографии царской семьи. Снимки были выставлены на аукционе в Женеве. Но представитель Гатчинского музея связался с консулом Швейцарии, ему предоставили описание фотографий в инвентарных книгах, и он помог вернуть снимки в музей.
Несмотря на то, что около полумиллиона экспонатов было возвращено еще в 1947–1949 годах и возвращается до сих пор, судьба многих из них, например, Янтарной комнаты, все еще остается неизвестной.